Die Bezirksregierung Münster führt die Aufsicht über die Straßenverkehrsämter des Regierungsbezirks. Im Einzelnen erstreckt sich die Fachaufsicht auf die Gebiete des Fahrerlaubnis-, des Fahrlehrer- sowie des Fahrschulrechts. Die Behörde erteilt außerdem amtliche Anerkennungen und Ausnahmen im Bereich des Fahrerlaubnisrechts, sofern nicht die Straßenverkehrsämter zuständig sind. 

Die Bezirksregierung Münster erteilt Genehmigungen zur Personenbeförderung im Linienverkehr. Sie ist außerdem Genehmigungsbehörde für Sonderlinienverkehre, Gelegenheitsverkehre sowie Beförderungstarife und Beförderungsbedingungen.

Die Bezirksregierung ist zuständige Planfeststellungsbehörde für den Bau oder die Änderung von Straßen und Schienenwegen sowie für die Errichtung und den Betrieb oder die Änderung von Energieversorgungsleitungen.

Die Bezirksregierung erarbeitet Vorschläge zur Verkehrsinfrastrukturplanung der Region. Der Regionalrat beschließt über diese Vorlagen, die anschließend in die verkehrlichen Pläne und Programme von Bund und Land einfließen. Dazu gehören der Bundesverkehrswegeplan, der Landesstraßenausbauplan, die Landesstraßenbauprogramme sowie die verkehrlichen Bedarfspläne des Landes (ÖPNV, Straße, Fahrrad). 

Die Bezirksregierung Münster als Höhere Straßenverkehrsbehörde ist die Aufsichtsbehörde und Ansprechpartnerin für die Straßenverkehrsbehörden der Kreise und kreisfreien Städte im Regierungsbezirk. Gemeinsam tragen diese mit den Straßenbaulastträgern und der Polizei die Verantwortung für die Verkehrssicherheit auf dem nachgeordneten Straßenverkehrsnetz im Regierungsbezirk.

Fahrzeuge, die hinsichtlich ihrer Maße, Gewichte, Ausrüstung, ihres Abgasverhalten oder in sonstiger Weise von den Bau- und Betriebsvorschriften der StVZO abweichen, benötigen Ausnahmegenehmigungen. Auch Fahrzeuge und Fahrzeugkombinationen des Großraum- und Schwertransports benötigen regelmäßig besondere behördliche Entscheidungen. 

Unter dem Begriff der weiteren Verkehrsangelegenheiten werden spezielle Aufgaben der Bezirksregierung im Bereich Verkehr zusammengefasst. Zu diesen Aufgaben der Behörde gehört zum Beispiel die Aufsicht über die unteren Hafenbehörden. Außerdem entscheidet die Bezirksregierung über Gnadengesuche bei Verkehrsordnungswidrigkeiten.