Andreas Bothe ist seit 2022 Regierungspräsident der Bezirksregierung Münster und damit Leiter der Behörde.

Dr. Ansgar Scheipers ist Regierungsvizepräsident und Leiter der Abteilung 1 der Bezirksregierung Münster mit ihren Themenschwerpunkten Personal, Haushalt, Organisation, Informationstechnik und weiteren zentralen Diensten.

Christiane Wienströer leitet die Abteilung 2 der Bezirksregierung Münster mit ihren Themenschwerpunkten Ordnungsrecht, Gesundheit, Sozialwesen, Gefahrenabwehr und Verkehr.

Ralf Weidmann leitet die Abteilung 3 der Bezirksregierung Münster mit ihren Themenschwerpunkten Regionale Entwicklung, Kommunalaufsicht und Wirtschaft.

Matthias Schmied leitet die Abteilung 4 der Bezirksregierung Münster mit ihren Themenschwerpunkten Schule, Kultur und Sport.

Dr. Christel Wies leitet die Abteilung 5 der Bezirksregierung Münster mit ihren Themenschwerpunkten Umwelt und Arbeitsschutz.