Als Landesmittelbehörde ist die Bezirksregierung Münster für die Anerkennung von Abschlüssen sowie Sprach- und Externenprüfungen zuständig.

Das Dezernat Schulrecht befasst sich mit Schüler- und Elternangelegenheiten der Realschulen, Sekundarschulen, Verbundschulen, Gesamtschulen, Gymnasien, Berufskollegs und der Weiterbildungskollegs. Dabei geht es im Wesentlichen um die Bearbeitung von Widersprüchen und Beschwerden bei der Leistungsbewertung und Versetzung, bei Ordnungsmaßnahmen und bei Aufnahme- und Schullaufbahnentscheidungen.

Zur Schulorganisation gehört die Errichtung, Änderung und Auflösung von öffentlichen Schulen, wobei zu den öffentlichen Schulen Förder-, Grund-, Haupt-, Real-, Sekundar- und Gesamtschulen sowie Gymnasien und Berufskollegs zählen. Über die jeweilige Maßnahme beschließt der zuständige Schulträger, also Land, Gemeinden, Städte, Kreise, Zweck- und Landschaftsverbände.

Die Bezirksregierung Münster ist zuständig für die Überwachung der Schulpflicht an allen Schulformen mit Ausnahme der Grund-, Haupt- und Förderschulen (ohne Förderschwerpunkte Hören und Kommunikation, Sehen), für die die Schulämter des jeweiligen Kreises oder der kreisfreien Stadt zuständig sind. 

Mit der zunehmenden Digitalisierung von Schule und Unterricht rücken Fragen zum Datenschutz und zur Datensicherheit in den Fokus.