Als Abfallwirtschaftsbehörde fördert die Bezirksregierung Münster einen möglichst abfallarmen Wirtschaftskreislauf. Dabei sollen natürliche Ressourcen geschont und die umwelt­verträgliche Entsorgung von Abfällen gesichert werden. Die Zulassung und Überwachung von Abfallanlagen und die damit verbundenen Maßnahmen stehen dabei im Vordergrund.

Zu den Abfallstromkontrollen gehören einerseits Transportkontrollen, andererseits die Prüfung der Abfallströme bei den Erzeuger:innen und Entsorger:innen gefährlicher Abfälle. Den Transportkontrollen unterliegen auch grenzüberschreitende Abfalltransporte. Bei ihrer Überwachung arbeitet die Bezirksregierung Münster mit dem Bundesamt für Logistik und Mobilität (BALM) zusammen.

Für Sammler:innen, Befördernde, Handelnde und Makler:innen von Abfällen bestätigt die Bezirksregierung Münster Anzeigen nach § 53 Kreislaufwirtschaftsgesetz (KrWG) und erteilt Erlaubnisse nach § 54 KrWG. 

Das Münsterland ist im Außenbereich unter anderem durch Anlagen der Tierintensi­haltung geprägt. Nach dem Inkrafttreten des Erneuerbare-Energien-Gesetzes (EEG) am 1. April 2000 haben sich viele Landwirt:innen mit hohem Tierbesatz dazu entschlossen, Biogasanlagen zu errichten. 

Deponien sind Abfallbeseitigungsanlagen für die unbefristete Ablagerung von Abfällen. Im Zuständigkeitsbereich der Bezirksregierung Münster sind 17 Deponien zu betreuen. Auf drei dieser Deponien werden noch Abfälle abgelagert, die anderen 14 Deponien befinden sich in der Stilllegungs- beziehungsweise Nachsorgephase. 

Zu Abfall zählen alle Stoffe oder Gegenstände, von denen sich dessen Besitzer:in entledigt, entledigen will oder muss. Dazu gehören Verpackungen und Essensreste genauso wie alte Farben oder Batterien. Für die Abfallwirtschaft gilt im Umgang mit Abfall die sogenannte Abfallhierarchie: Abfall vermeiden, wertvolle Rohstoffe verwerten und Restabfälle umweltverträglich beseitigen.

Als wichtiger Bestandteil des Naturhaushaltes erfüllt der Boden viele Funktionen. Hierbei stehen vor allem die natürlichen Bodenfunktionen im Vordergrund. So dient der Boden einerseits als Lebensgrundlage für Menschen, Tiere und Pflanzen. Andererseits fungiert er auch als Filter- und Abbaumedium für Schadstoffe und schützt dadurch das Grundwasser vor Verunreinigungen.