Die Abteilung 1 ist die interne Serviceabteilung für die gesamte Behörde. Sie kümmert sich mit drei Dezernaten zentral um Personal, Haushalt, Organisation, Facility Management und Controlling sowie um die Informationstechnik und die Innenrevision.

Die Abteilung 2 ist für ein breit gefächertes Aufgabenspektrum in den Bereichen Sicherheit, Ordnung, Katastrophenschutz, Gesundheit, Soziales, Straßen-, Schienen- und Luftverkehr, Energie-Leitungsnetz und Stiftungswesen sowie Ausländerangelegenheiten verantwortlich. Außerdem übt sie die landesweite Fachaufsicht über das Schwerbehindertenrecht und das Bundeselterngeld aus.

Die Abteilung 3 übt die Kommunal- und Finanzaufsicht über die Kreise und kreisfreien Städte des Regierungsbezirks aus. Sie schützt das im Grundgesetz und in der Verfassung des Landes NRW garantierte Recht auf kommunale Selbstverwaltung und sorgt dafür, dass die Gemeinden, Städte und Kreise im Einklang mit den Gesetzen verwaltet werden.

Bildung ist eine zentrale Aufgabe für die Zukunft der Kinder und Jugendlichen und die Zukunft unserer Region. Das ist Auftrag und zugleich das Selbstverständnis der Schulabteilung. Die Schulabteilung berät, unterstützt und beaufsichtigt 8 Schulämter, 6 Zentren für schulpraktische Lehrerausbildung sowie rund 1.000 öffentliche und private Schulen mit fast 30.000 Lehrkräften im Regierungsbezirk Münster.

Ingenieure, Naturwissenschaftler und Verwaltungsfachleute arbeiten in der Abteilung 5 interdisziplinär zusammen, um Natur und Umwelt zu erhalten und die Menschen am Arbeitsplatz zu schützen.