Flussneunaugen zogen vor dem Ausbau der Ems bis nach Westfalen („Rheinische Pricken“). Heute können sie aufgrund zahlreicher Wehre nur noch bis etwa Lingen gelangen. 

Die nachtaktive, schwimmschwache Koppe ist verstärkt auf Deckungsmöglichkeiten, wie zum Beispiel Totholz, durchspülte Wurzeln, Steine oder Kiesbänke, angewiesen. 

Zum Schutz der FFH-Anhang II – Art Bachneunauge wurden auch im Münsterland Schutzgebiete ausgewiesen (z.B. Vechte, Berkel).