Naturschutz- und Landschaftsschutzgebiete werden durch ordnungsbehördliche Verordnung der Bezirksregierung Münster (Dezernat 51) oder durch Festsetzungen der Landschaftspläne ausgewiesen. Dort sind jeweils der korrekte Schutzzweck beschrieben und die einzelnen in diesen Gebieten wirksamen Verbotsvorschriften festgesetzt.
Die örtliche Untere Landschaftsbehörde sowie die Biologischen Stationen (Münster-Rieselfelder, Münsterland, Recklinghausen, Steinfurt und Zwillbrock/Borken sowie das biologisches Institut in Metelen) sind unmittelbar zuständig für die Pflege und Entwicklung dieser Gebiete und die Überwachung der jeweiligen Verbotsvorschriften. Die Untere Landschaftsbehörde ist darüber hinaus für die gegebenenfalls erforderlichen Befreiungen von den Verboten verantwortlich. Die Bezirksregierung Münster (Dezernat 51) wird hierbei im Fall von Widerspruchsverfahren tätig.
Insgesamt sind bereits 4,9 Prozent der Fläche des Regierungsbezirks Münster als Naturschutzgebiet ausgewiesen (Stand: 31.12.2007). Darüber hinaus besteht als kontinuierliche Aufgabe die Schutzausweisung weiterer, bislang ungeschützter, wertvoller Teile von Natur und Landschaft. Eine besondere Bedeutung haben die Schutzgebiete, die gemäß der europäischen Vogelschutzrichtlinie oder der europäischen Flora-, Fauna-, Habitat-Richtlinie (FFH-Richtlinie) ausgewiesen werden. Mit Hilfe dieser Richtlinien soll ein europäisches Schutzgebietsnetz namens "Natura 2000" mit einer repräsentativen Auswahl besonders schutzwürdiger Lebensräume und Arten zum Schutz der biologischen Vielfalt in Europa aufgebaut werden. Die Richtlinien verpflichten die Mitgliedstaaten der Europäischen Gemeinschaft auf der einen Seite, geeignete Maßnahmen zur Erhaltung und gegebenenfalls zur Entwicklung dieser besonderen Schutzgebiete zu veranlassen. Auf der anderen Seite darf der Zustand der Natur in diesen Bereichen nicht verschlechtert werden. Aus diesem Grund sind genehmigungspflichtige Pläne und Projekte, die ein FFH- oder Vogelschutzgebiet erheblich beeinträchtigen können, einer Verträglichkeitsprüfung zu unterziehen.
